국세청은 2020년부터 연구인력개발비세액공제 신청의 적정여부를 전담팀이 사전에 확인해 주는 ‘연구인력개발비 세액공제 사전심사’ 제도를 운영하고 있다. 2023년 총 2,440개 기업이 사전 심사를 신청하였으며, 국세청은 수출중소기업 등 미래성장 세정지원기업에 대해 우선심사하고 있다.
신청방법
사전심사는 연구인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 개인사업자가 신청할 수 있다. 올해 법인세 또는 소득세 신고시 세액공제를 적용받고자 하는 경우 신고전까지 사전심사를 신청하면 된다. 다만, 신고기한에 임박한 경우 결과가 지연될 수 있다. 다만, 신고 이후라도 세액공제 신청 누락분에 대해서 경정청구, 수정신고, 기한후 신고 전까지 신청이 가능하다.
아래의 홈택스 또는 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과)를 통해 신청 할 수 있다.
www.hometax.go.kr→국세증명,사업자등록 세금관련 신청/신고→소득,법인세 관련 신청,신고→연구인력개발비 사전심사 신청
홈택스로 신청할 경우 심사진행상황 확인, 신청서류 체크리스트 제공, 사전심사 결과를 공유할 세무대리인 지정 등을 할 수 있다.
신청시 제출서류
신청할 경우 아래의 제출서류를 첨부하면 된다.
한편, 신청시 제출서류뿐만 아니라 보완서류도 홈택스로 제출가능하며, 연구소 인정서, 지적 재산권 등록자료 등 국세청이 자체 수집 가능한 자료는 신청시 제출하지 않아도 된다.
사전심사 절차
국세청은 사전심사 신청 건에 대해 세법상 연구개발 해당 여부와 비용 적정성, 이 두가지 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토한다. 또한 신청인의 편의를 위해 비대면 서면심사를 원칙으로 한다. 다만, 심사대상자는 제출된 서류만으로 정확한 판단이 어려울 경우 보완을 요구하거나 신청인 동의하에 현장 확인할 수 있다.
연구개발활동심사
신청인이 수행한 연구개발활동이 연구개발(과학적 또는 기술적 진전을 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동)에 해당하는지 여부를 판단한다. 한편, 전문성이 필요한 연구개발활동 심사의 경우 신속하고 정확한 심사를 위해 9개 분야별(예:기계, 전기전자, 정보통신, 소프트웨어, 화학, 에너지시스템, 토목/건축, 디자인, 바이오) 전문심사관이 검토를 전담하고 있다.
비용심사
신청인이 지출한 금액이 공제대상인지 여부를 확인하여 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청가능하다.
여러 가지 연구과제가 있는 경우 세부 과제별 여러 번 신청할 수 있고 연구개발활동 여부 심사만 별도로 신청할 수도 있다. 다만, 세액공제를 이미 신청하였거나 정당한 사유 없이 답변이나 자료제출을 거부하는 등의 경우 해당 신청건은 심사에서 제외될 수 있다.
사전심사시 혜택
신청인이 사전심사 결과에 따른 연구인력개발비 세액공제 금액을 반영하여 법인세 또는 소득세를 신고한 경우 아래와 같은 효력이 부여된다. 다만, 부정확한 서류를 제출하거나 사실관계의 변경, 누락 및 조세탈루혐의가 있는 경우 제외한다.
1. 심사신청내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외
2. 사전심사 이후 세무조사 등으로 인해 심사결과와 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고가산세 면제